يضم المتحف في جوانبه عدداً من الدور التي تعرض مجموعة منتخبة من الفنون الإسلامية المتنوعة التي تعكس نمط وأسلوب الحياة للمسلمين على مدى أكثر من 1400 عام من مختلف أقطار الدول الإسلامية، ويقوم المتحف بحفظ وصيانة وعرض هذه المنتجات والتحف الفنية لإحياء التراث والثقافة الإسلامية، حفاظاً على الهوية الإسلامية من الضياع والتخبط بين دول الغرب، فتم تقسيم المتحف إلى عدد من الدور منها:

دار الكعبة المشرفة:

    تتميز بوجود شاشة عرض كبيرة تعرض فيلماً وثائقياً حول الكعبة المشرفة والمدينة المنورة والمسجد الأقصى. كما تعرض في الدار أيضاً قطعة من أستار الكعبة المشرفة الداخلية التي تخص باب التوبة، وهي من أهم مقتنيات المتحف الإسلامي. بالإضافة إلى محفظة مفتاح الكعبة المصنوعة عام 1407هـ. كذلك بإمكان الزائر مشاهدة مجسم للحجر الأسود ومجسمات أخرى للحرمين المكي والمدني بعد التوسعة الأخيرة. كذلك توجد صور قديمة لمدينة مكة المكرمة والحرم الشريف مؤرخة عام 1927-1930م. كما أن القاعة تضم حالياً معرضاً مؤقتاً بمناسبة الحج والعمرة يعرض فيه مناسكهما بالصور والشروحات باللغتين العربية والإنجليزية.

دار المشغولات المعدنية:

    وتعرض في هذه الدار مجموعة رائعة من المشغولات المعجنية المزخرفة بأسلوب التكفيت بالذهب والفضة والنحاس بآيات من القرآن الكريم والحكم والأشعار. وهذه المشغولات متنوعة من حيث غرض استخدامها، فمنها الأدوات المنزلية المستخدمة في الطهي والأكل والشرب، وأخرى للزينة كالمزهريات والحلي. كذلك توجد نماذج أخرى من الشمعدانات المبتكرة في التصميم وبعض الأسلحة وغيرها.

دار المسكوكات الإسلامية:

    تضم هذه الدار مجموعة قيمة من الدنانير الذهبية والدراهم الفضية من العهدين الأموي والعباسي في الفترة الممتدة من عام 78هـ وحتى عام 645هـ. وأقدم دينار معروض في المتحف الإسلامي يعود لعام 78هـ والذي سك في عهد الخليفة الأموي عبد الملك بن مروان رائد عملية تعريب النقود الإسلامية تعريباً نهائياً بإزالة كافة التأثيرات الأجنبية عنها وبسكها بمأثورات وآيات قرآنية. كذلك أرفدت القاعة بخزانة جديدة في أكتوبر عام 2000م تضم نحو (60) عملة إسلامية لعدد من الدويلات الإسلامية منها: دراهم ودنانير وفلوس للدولة المملوكية، والفاطمية، والسامانية، والإلخانية، والمغولية، والبويهية، والصفوية والصفارية وغيرها. وأقدم ما عرض فيها هي دراهم فضة سكت عام 51هـ.

دار العلوم:

    أهم ما يميز هذه الدار هي خارطة الأرض للشريف الإدريسي وهي نسخة من أول خارطة كاملة للعالم، رسمها الشريف الإدريسي المتوفى عام 1166م. كما يمكن للزائر مشاهدة بعض أدوات الرصد الفلكي التي تستخدم في معرفة مسار النجوم وأبعادها ومواقيت الصلاة والأشهر القمرية كالإسطرلاب والكرة السماوية.

دار المخطوطات الإسلامية:

    وتعرض هذه الدار نماذج هامة من المخطوطات الإسلامية المذهبة والمخطوطة على يد أشهر الخطاطين، وخطت هذه المخطوطات في أقطار مختلفة من أرجاء الدولة الإسلامية. أما موضوعات المخطوطات فهي متنوعة فمنها مخطوطات للقرآن الكريم وأخرى في العلوم مثل النحو والتفسير والتشريع والطب وغيرها. أقدم المخطوطات في المتحف الإسلامي هي صفحات من القرآن الكريم يعود تاريخها للقرن الثالث والرابع الهجري والتي توجد عليها بعض النقاط التي كانت بداية التنقيط للحروف العربية على طريقة أبي الأسود الدؤلي. كما يعرض في دار المخطوطات حالياً صور لرسائل الرسول - صلى الله عليه وسلم- للملوك والأمراء يدعوهم للدخول في الإسلام، والتي كتبت بالخط الكوفي القديم.

دار الأثاث:

    وتضم هذه الدار مجموعة من قطع الأثاث الإسلامية المزخرفة بأسلوب النحت ببعض آيات القرآن الكريم والحكم التراثية، بالإضافة إلى أسلوب تنزيل الصدف والزخرفة بأشكال نباتية وهندسية فيما يعرف بالأرابيسك. ويلاحظ على معظم القطع أنها مؤرخة، فكتب على البعض منها أنها صنعت بالشام عام 1907م وأخرى 1910.. إلخ.

دار الخزف الإسلامي:

     يوجد بهذه الدار مجموعة مميزة من الخزفيات والفخاريات الإسلامية المزججة وغير المزججة، والمزينة بزخارف وكتابات قديمة مثل: السرور والبركة والعز والبقاء. وتتنوع القطع الفخارية، فنجد الأواني والصحون والأباريق والقراميد.. وغيرها.

دار آثار الشارقة الإسلامية:

    وبها مجموعة بسيطة من اللقى الأثرية التي تم العثور عليها من مناطق مختلفة من إمارة الشارقة مثل الحمرية، اليرموك وأبوشغارة والمناخ، وهي عبارة عن جرار شبه كاملة أهمها ذات المقابض الثلاثة. وتعود في تاريخها لفترات إسلامية متأخرة.كما يضم المتحف مكتبة متخصصة في التاريخ والفن والعلوم والفقه والموسوعات باللغتين العربية والإنجليزية، والتي يمكن للزائر استعارتها أو تصويرها.

    ويقوم المتحف بتنظيم بعض المعارض المؤقتة والدورات الخاصة لأطفال مراكز ثقافة الطفل كدورة الإيبرو (الرسم على الماء) وهو فن إسلامي عريق، ومعرض "من رواد الحضارة الإسلامية"، ومعرض "القدس لنا"، ومعرض المخطوطات الإسلامية، ومعرض المصاحف، ومعرض الكعبة.